Dans le monde de Darwinia, de nombreux bâtiments seront disponibles afin de réaliser, par exemple, la purification des âmes corrompues ou le transport de troupes. Cependant, d'autres bâtiments sont disséminés dans le monde virtuel, mais vous ne pourrez interagir directement avec, seuls les Darwinians le pourront.
Control Tower
Chaque bâtiment, quel qu'il soit, est toujours accompagné d'une annexe appelée Control Tower. Lorsqu'un ingénieur reprogramme le bios de la tour, le bâtiment qui en dépend devient alors opérationnel. Les tours ainsi reprogrammées servent également à exécuter des programmes-unités Squad et Engineer.
Incubator
L'Incubator est le lieu où sont traitées les âmes de Darwinians collectées par les Engineers. Chaque âme rapportée donnera naissance à un nouveau Darwinian vert.
Radar Dish
Le Radar Dish permet le transport de troupes (unité-programmes ou Darwinians d'un radar à un autre. Le radar d'arrivée n'a pas besoin d'être sous votre contrôle pour accepter la transition. Attention, si la connexion établie est coupée, les unités en cours de transfert seront tuées.
Trunk Port
Les Trunk Ports servent de connexions entre les différentes cartes qui constituent le monde virtuel de Darwinia. La prise de contrôle de ces portes fait très souvent partie des objectifs secondaires de vos missions. Une porte sous votre contrôle permet l'exécution d'unité-programmes de type Armour.
Chaque mission possède également son lot de bâtiments inédits, uniquement utilisables par l'intermédiaire de Darwinians. La mise en fonction de ces bâtiments constitue le plus souvent l'objectif principal de vos missions dans le monde virtuel.